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西安光機(jī)所計(jì)算光學(xué)顯微成像研究獲進(jìn)展

儀表研發(fā) 2022年10月09日 11:41:22來源:西安光學(xué)精密機(jī)械研究所 17305
摘要2021年,中國科學(xué)院西安光學(xué)精密機(jī)械研究所潘安、馬彩文、姚保利團(tuán)隊(duì)提出了顏色遷移傅里葉疊層顯微術(shù)(CFPM)的方法,以幾乎無精度損失的情況下將效率提高了3倍。

  【儀表網(wǎng) 儀表研發(fā)】使用光學(xué)顯微鏡進(jìn)行病理切片檢查是癌癥診斷的“金標(biāo)準(zhǔn)”。傳統(tǒng)的數(shù)字病理學(xué)常使用高倍物鏡和掃描拼接的方法以獲得大視場、高分辨率圖像,但高精密電動位移臺、高倍物鏡、脈沖光源等組件價格昂貴,提高了儀器設(shè)備的成本,且大量的機(jī)械運(yùn)動也會減緩成像的時間效率。同時,高倍物鏡帶來的景深狹小和機(jī)械掃描拼接帶來的偽影、重影、失敗問題等也降低了成像質(zhì)量。2013年,科研人員發(fā)明傅里葉疊層顯微術(shù)(Fourier ptychographic microscopy,F(xiàn)PM)。該技術(shù)使用低倍物鏡獲得天然的大視場,通過多角度掃描方式采集一組低分辨率圖像,在頻域中迭代重構(gòu)高分辨率的結(jié)果,無需機(jī)械掃描就能獲得高分辨率、大視場圖像,有效地解決了傳統(tǒng)掃描成像的質(zhì)量問題,突破了傳統(tǒng)顯微成像中分辨率與視場之間的矛盾關(guān)系,使得在數(shù)字病理學(xué)中實(shí)現(xiàn)高通量成像成為可能。
 
  全彩色FPM成像對于分析標(biāo)記的組織切片至關(guān)重要。傳統(tǒng)掃描拼接依托彩色相機(jī)速度很快,盡管FPM技術(shù)在單通道下有高通量優(yōu)勢,但彩色化下使用傳統(tǒng)的RGB序列照明合成則會縮小3倍通量,因此如何在保持精度的同時提高彩色化效率、保持高通量的優(yōu)勢、突破精度與效率的矛盾關(guān)系是主要的科學(xué)問題。2021年,中國科學(xué)院西安光學(xué)精密機(jī)械研究所潘安、馬彩文、姚保利團(tuán)隊(duì)提出了顏色遷移傅里葉疊層顯微術(shù)(CFPM)的方法,以幾乎無精度損失的情況下將效率提高了3倍(Science China Physics, Mechanics & Astronomy,封面文章)。由于缺乏對顏色傳遞過程中空域信息約束,該方法無法恢復(fù)多色染料染色的復(fù)雜樣品,且依賴GPU的并行計(jì)算。鑒于此,科研團(tuán)隊(duì)提出了改進(jìn)的FPM全彩色成像算法,稱為顏色遷移濾波傅里葉疊層顯微術(shù)(CFFPM)。該方法將交疊分塊、三邊濾波與全彩色FPM遷移學(xué)習(xí)模型相結(jié)合。前者降低了解空間的搜尋范圍,后者引入了空域的先驗(yàn)信息,有效地匹配了最合適的顏色傳遞像素和濾除了雜色,進(jìn)一步通過迭代在兩個色彩空間的顏色精煉,從而克服了CFPM的重要缺陷。實(shí)驗(yàn)對比26個樣本統(tǒng)計(jì)結(jié)果顯示:在精度方面,CFPM、CFFPM與RGB序列照明方法相比均方誤差分別高4.76%和1.26%;在視覺效果方面,CFFPM可有效分辨多色染料染色的復(fù)雜樣本,與RGB序列照明方法難以分出差別;在時間效率方面,與RGB序列照明方法相比,CFPM和CFFPM均具有更高的效率/與在CPU上運(yùn)行的CFPM相比,CFFPM方法的運(yùn)行時間從幾小時減少到幾分鐘;在臨床應(yīng)用方面,顏色精度對于病理判斷至關(guān)重要,而簡單地加快成像速度導(dǎo)致彩色成像的精度損失。CFFPM在兩者之間做到了較好的取舍,在快速成像的同時保持了高精度彩色成像的優(yōu)勢,使得結(jié)果能夠被病理學(xué)家可用可接受,特別是對時間敏感的術(shù)中病理頗具應(yīng)用前景。此外,CFFPM無需GPU加速,由于其低成本硬件要求,可廣泛推廣到實(shí)際應(yīng)用中,為計(jì)算光學(xué)成像在數(shù)字病理學(xué)中的臨床應(yīng)用提供了新思路。
 
  該工作將先驗(yàn)的空域信息和顏色空間迭代精煉思想引入到快速全彩色FPM研究中,對于促進(jìn)FPM在數(shù)字病理學(xué)中的發(fā)展具有重要意義。9月30日,相關(guān)研究成果以Rapid full-color Fourier ptychographic microscopy via spatially filtered color transfer為題,在線發(fā)表在Photonics Research上。研究工作得到國家自然科學(xué)基金等的支持。

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