【儀表網(wǎng) 研發(fā)快訊】3月17日，中國科學(xué)院深圳先進(jìn)技術(shù)研究院合成微生物組學(xué)研究中心、深圳合成生物學(xué)創(chuàng)新研究院戴磊課題組，在《自然-通訊》(Nature Communications)上，發(fā)表了基于成像的空間微生物組最新研究成果(Spatial profiling of microbial communities by sequential FISH with error-robust encoding)。
 

　　該團(tuán)隊(duì)發(fā)展了一種可容錯(cuò)編碼的序貫熒光原位雜交(SEER-FISH)技術(shù)，用于解析復(fù)雜微生物群落的空間結(jié)構(gòu)。該方法可識別復(fù)雜群落中的不同微生物物種，在單細(xì)胞尺度上原位解析微生物物種之間以及微生物-宿主之間的相互作用，是探究微生物群落的生態(tài)和功能的重要工具。
 

　　自然界中的微生物群落具有豐富的物種多樣性。各種微生物獨(dú)特的生存方式和相互作用關(guān)系構(gòu)成了群落特定的空間結(jié)構(gòu)。盡管現(xiàn)有的高通量測序技術(shù)能夠描繪微生物群落的物種組成及豐度，但缺乏解析群落空間結(jié)構(gòu)的有力工具。由于傳統(tǒng)熒光顯微成像技術(shù)可分辨的物種數(shù)量受限于熒光基團(tuán)的顏色種類，繪制高物種分辨率的復(fù)雜微生物群落的空間結(jié)構(gòu)頗具挑戰(zhàn)性。
 

　　基于此，研究發(fā)展了新的SEER-FISH成像技術(shù)并將其用于復(fù)雜微生物群落，在微米尺度上繪制了擬南芥根系定植的微生物群落的空間分布，觀測到不同物種在根表上的空間異質(zhì)性定植以及在受到宿主代謝物擾動(dòng)后的空間分布變化和物種空間關(guān)聯(lián)改變。SEER-FISH技術(shù)可以精準(zhǔn)解析復(fù)雜微生物群落的空間結(jié)構(gòu)，為探討植物根際、人體腸道等宿主共生微生物組的生態(tài)規(guī)律和生理功能提供了有力工具。
 

　　SEER-FISH通過序貫熒光原位雜交的方式實(shí)現(xiàn)微生物群落空間結(jié)構(gòu)的解析。它的工作原理是為每種微生物分配特定的多色編碼，每輪使用帶有相應(yīng)顏色熒光基團(tuán)的寡核苷酸探針來標(biāo)記對應(yīng)的微生物，再通過多輪熒光原位雜交成像獲取每個(gè)細(xì)胞的多色編碼，從而確定其對應(yīng)的物種(圖1a-c)。該團(tuán)隊(duì)進(jìn)一步對編碼進(jìn)行優(yōu)化，使用不同漢明距離(HD，hamming distance)的糾錯(cuò)編碼可以提高物種準(zhǔn)確識別率，且具有高度的可擴(kuò)展性(圖1d)。
 

　　研究在不同微生物群落的體外成像實(shí)驗(yàn)中對SEER-FISH技術(shù)進(jìn)行系統(tǒng)評估。實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了該方法對群落組成識別的準(zhǔn)確性和可重復(fù)性，能夠準(zhǔn)確量化群落物種組成的變化(圖2a-c)，使用不同的編碼方案所得到的群落組成高度一致(圖2d-f)。
 

　　植物根際定植著高度多樣的微生物群落。它們既受到植物宿主的調(diào)控又影響植物的生理健康。然而，科學(xué)家對于根際微生物群落的空間結(jié)構(gòu)卻鮮有研究。研究將SEER-FISH應(yīng)用于根表微生物的空間成像，勾勒了不同生理分區(qū)分布定植的微生物群落組成 (圖3a-c)。
 

　　研究發(fā)現(xiàn)，定植在根表的微生物群落并非隨機(jī)分布，而是傾向于形成聚集體。這些微生物聚集體的尺度在幾十到幾百微米，并存在多個(gè)物種(圖3d-f)。微生物聚集體的形成的具體原因有多種假說，包括偏好性定植、提高在根際環(huán)境下的適應(yīng)性等。此外，研究通過對群落中的微生物進(jìn)行鄰近關(guān)系分析，發(fā)現(xiàn)了顯著的菌-菌空間關(guān)聯(lián)(圖3g)。
 

　　通過外源添加擬南芥根際分泌的代謝產(chǎn)物植保素(camalexin)和香豆素(fraxetin)，研究發(fā)現(xiàn)根際微生物的組成和空間分布均發(fā)生了顯著變化(圖4a-c)。例如，中華根瘤菌主要定植于靠近根尖的位置，而這種偏好性的定植在加入植保素和香豆素后發(fā)生改變(圖4d)。農(nóng)桿菌本身在根上的定植沒有偏好性，但在受到香豆素?cái)_動(dòng)后表現(xiàn)出更多的定植于根成熟區(qū)(圖4e)。根際微生物空間分布的高度異質(zhì)性和物種之間的差異，與環(huán)境異質(zhì)性、微生物本身的特性均有關(guān)。
 

　　研究進(jìn)一步對定植微生物的空間關(guān)聯(lián)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)植保素和香豆素均不同程度地影響改變了物種之間的空間關(guān)聯(lián)(圖4f)。微米尺度下的空間關(guān)聯(lián)暗示了微生物群落中不同物種之間廣泛存在的短程相互作用(如營養(yǎng)競爭與互養(yǎng)、接觸抑制、群體感應(yīng)等)，對于進(jìn)一步的機(jī)制研究有重要的指導(dǎo)意義。
 

　　研究工作得到國家重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國家自然科學(xué)基金、廣東省自然科學(xué)基金及深圳合成生物創(chuàng)新研究院的支持。